Program Khusus adalah program kegiatan pengelolaan sekolah yang merupakan hasil penunjukan dari Dinas Pendidikan atau Depdiknas ataupun program-program lain yang khusus diselenggarakan di SMA Negeri 1 Krembung.  Untuk program-program tersebut, dibentuk tim khusus, misalnya Tim Pusat SumberBelajar (PSB), Pengelolaan Dana Block Grant, Penyelenggaraan Program Intensif Belajar (PIB), Tim Lingkungan Hidup dan Kebersihan, Tim Pengembang Sekolah, Tim Pengembang Kurikulum dan program-program khusus lainnya.